La orden cisterciense se origina en tierras francesas promovida por algunos monjes cluniacenses, como reacción ante lo que entendían como un alejamiento de la regla de San Benito. Será el monje Roberto de S. Michèle de Tonnere quien, junto a siete compañeros, se retiren al bosque de Molesme, en 1075, para pasar posteriormente, en 1089, a los cenagales de Citaux.

Pero será la llegada de San Bernardo a Citaux la que marcara la segunda fase de esta reforma que recorrerá la totalidad del espacio europeo. Posteriormente el propio Bernardo con 12 compañeros fundará Clairvaux, siguiendo este sencillo esquema de expansión para las restantes abadías, de modo que en la fecha de su muerte,en 1153, el número de monasterios masculinos era de 343, llegando a 742 a finales de la Edad Media, y pasando de 700 los cenobios femeninos.

La Ferté, Pontigny, Morimond y Clairvauxfueron las cuattro abadíasmatrices desde las que fueron desplegándose nuevas comunidades.

Esta renovación se verá reflejada en una arquitectura propia, de la que Rueda es uno de los mejores ejemplos conservados.

El origen del Monasterio de Rueda se iniciaen 1152 con la fundación de la abadía de Nª Sª de Saltz realizada por los monjes de Gimont, que a su vez procedían de la casa madre Morimond En 1162, a partir de la cesión de tierras en Burjazud (Villanueva de Gállego), se fundó la abadía de Juncería, precedente inmediato de Rueda.

Finalmente en 1182 el rey Alfonso II cede a los monjes el castillo y villa de Escatrón. Se trata de un emplazamiento a orillas del Ebro, más acorde con el espíritu cisterciense, dotado de territorio por colonizar, donde llegarán a partir de 1202 para fundar el actual monasterio. Poco después comenzarán las obras que se prolongarán durante varios siglos, sufriendo los altibajos económicos del Reino de Aragón y de la comunidad monástica en particular.

Tras los pasos previos a la instalación definitiva de los monjes en Rueda, la actividad constructiva va a desarrollarse durante todo el siglo XIII en sus ámbitos fundamentales. En 1238 se consagraba la iglesia, y en 1292 todavía se confirmarán privilegios relacionados con la extracción de piedra y madera para la obra. Pero hasta la segunda mitad del siglo XIV y principios del XV no puede considerarse cerrado el conjunto de la fábrica medieval con las últimas fases de la iglesia.

En este momento quedaría configuradono solo el núcleo medieval que podemos admirar en su integridad fundamental, sino también una serie de dependencias complementarias como la zona de conversos, estancias agrícolas, antiguo palacio del abad, etc. Estos espacios se desarrollan en el marco del entorno de la cilla y en el de la plaza de San Pedro.
Durante los siglos XVI y XVII se irán sustituyendo hasta configurara la actual plaza de promociones monumentales, destacando por su calidad la galeria herreriana que une el nuevo Palacio Abacial con el conjunto medieval. Varias décadas más tarde, detrás del claustro se contruirán la gran nave de los nuevos dormitorios y el noviciado, actualmente en estado semirruinoso.

Desde los primeros momentos de la construcción del monasterio, tambien se inician las obras de infraestructura hidráulica. Consisten en el azud y la noria o rueda que elevaba el agua del río hasta el acueducto de factura gótica, en parte visible y en parte subterráneo, que reparte el agua por el conjunto monástico, siguiendo las dsiposiciones propias de la Orden.

Con la desamortización de Mendizábal, a resultas de los decretos de 1836 y 1837, los bienes del monasterio serán utilizados para labores agrícolas, el patrimonio artístico se dispersará y buena parte del mismo resultará destruido.

Ya recientemente, las edificaciones postmedievales y la huerta son cedidas por su último propietario a la Diputación General de Aragón , en el año 1990. La titularidad de la zona medieval del monasterio, que desde la desamortización había pertenecido al Estado, en 1998 fue traspasada a la Diputación General de Aragón, con el compromiso de impulsar su restauración.